山口への藩庁移転時、大村益次郎はここ普門寺境内にある観音堂を宿舎としていた。桂小五郎(木戸孝允)の推挙により長州藩の上士(上級藩士)として取り立てられた大村益次郎は、高杉晋作らの要請により藩の軍制改革に尽力。山口明倫館で西洋式の兵学を講義したほか、藩士らからの求めに応じ、自身が起居していたこの普門寺においても私塾を開いた。寺の名前から「普門塾」また、歩兵、騎兵、砲兵の三兵科について教えていたことから「三兵塾」とも呼ばれた。1866(慶応2)年、四境戦争(第二次長州征伐)へと至った際には、四方から攻め寄せる幕府軍に相対するために軍の再編成を徹底。普門塾には各隊の指揮官が集められ、大村によって戦術や兵法が叩き込まれたという。

なお、同地には大内正恒(8世紀初めごろの大内氏当主との伝)が創建した寺があったといわれ、大内弘直(守護大名大内氏第23代弘幸の弟)によって、1336(延元元)年に普門寺として再建。菩提寺でもあり直弘の墓も現存する。さらに、31代義隆によって勅願寺(天皇の勅許を得て、国家鎮護・皇室繁栄を祈願する寺)となったが、直後の陶晴賢の反乱時に焼失。天正年間(1573～1593年)に再建され、現在に至る。